Думается, этот вопрос лучше всего адресовать тому агентству, с которым Вы (надеюсь, что добровольно и без физических мер принуждения с их стороны) заключили, либо собираетесь заключить подобный договор. Что же касается именно «оплаты государственной регистрации» сделки, то мне известны лишь размеры госпошлины, которая уплачивается за регистрацию сделки и регистрацию перехода права, и составляют, соответственно, по пятьсот рублей.
Возможно, то агентство, с которым Вас свела судьба добросовестного приобретателя недвижимости, имело в виду что-то иное, например, оплату своих услуг, комиссионное вознаграждение, что, действительно, как правило, (применительно к г. Обнинску) составляет порядка двух процентов от стоимости приобретаемого жилья.
Добавлю еще, что в области гражданско-правовых отношений, к каковой, безусловно, относятся сделки с недвижимостью, стороны свободны в установлении своих прав и обязанностей на основе договора и в определении любых не противоречащих законодательству условий договора (ГК РФ, ст. 1). Применительно к Вашим взаимоотношениям с агентством это означает, что они (работники агентства) вольны в установлении условий договора (при условии, извините за тавтологию, что это не противоречит действующему законодательству), а Вы свободы в выборе — принимать эти условия, либо нет.
Удачной Вам покупки.