Предполагается, что брат строит дом на одной части участка, а подарить Вам хочет другую. Одно другому не мешает. Для отчуждения части земельного участка Вашему брату необходимо произвести раздел земельного участка, привлечь землеустроительную организацию, сформировать межевой план, поставить два вновь образованных участка на кадастровый учет, зарегистрировать их (получить свидетельства на право собственности), и только после этого составлять договор дарения и выходить на сделку.
Для сведения: реконструкцию дома можно производить, предварительно получив Разрешение на реконструкцию от Администрации города (района). В проитвном случае у брата возникнут проблемя при его регистрации.