Здравствуйте, Лариса! Во первых: все нюансы, которые написаны в предварительном договоре купли-продажи должны быть отражены и в Основном договоре (цена, стороны и условия носят неизменный характер). В вашем случае можно составить дополнительное соглашение к Основному договору (он не подлежит регистрации) на сумму доплаты.
С Уважением, юрист агенства недвижимости "Стандарт"